孔子博物院标志由孔庙建筑、编钟、孔子等汉字字体元素设计组成，金声玉振: 原指孔子是诸圣人中集大成者，譬如奏乐，开头以金钟发声，末尾以玉磬收韵，集众音之大成。后比喻人有学问，或声誉广为传播。孔字篆书字体随形编钟造型，结构体现编钟造型的基础上又似孔字的变体，中间子字造型似孔子坐立讲学，子与右侧结构整体似一个孔字。左右两侧对称形式出现既体现编钟的纹样又像是弟子围坐两侧在听孔子讲学。整体造型寓意深刻造型沉稳端庄如孔庙建筑规制一样中轴清晰、且内涵丰富。